Кобато — милая, энергичная, симпатичная, но наивная девушка, у которой есть контракт: чтобы попасть в определенное место, ей нужно наполнить загадочную бутылку "исцеленными сердцами" людей. Однако есть ограничение: она должна успеть до конца четырех сезонов. Пока Кобато пытается выполнить свою миссию, её сопровождает Иориоги, дух в форме плюшевой собачки. Поскольку Иориоги несет ответственность за наказание, которое было наложено на него и его друзей из духовного мира, он должен направлять Кобато и следить за тем, чтобы она успешно выполнила свою миссию, чтобы он и его друзья могли вернуться к своим истинным формам.