В 2016 году авария на атомной электростанции приводит к заражению Токио, вынуждая правительство приказать жителям эвакуироваться. Спустя 20 лет Токио превратился в город-призрак из-за высокого уровня радиации, куда правительство запретило въезд всем. Когда из зараженной зоны поступает сигнал бедствия, Сухопутные силы самообороны Японии отправляют трех девушек из специального отряда "Коппелион" на поиски выживших в разрушенной столице.