Trapper John, M.D. foca no Dr. "Trapper" John McIntyre 28 anos após sua dispensa do 4077th Mobile Army Surgical Hospital (MASH) na Guerra da Coreia. Durante esse tempo após a guerra, o personagem havia amadurecido consideravelmente. Ele não apenas aprendeu a parar de lutar contra o sistema, mas se tornou parte dele, em certo sentido, como Chefe de Cirurgia do San Francisco Memorial Hospital. Trapper demonstrava tremenda compaixão por seus pacientes, muitas vezes violando "procedimentos hospitalares estabelecidos". Trabalhando com Trapper estava um jovem profissional aspirante chamado Dr. George Alonzo "Gonzo" Gates. Gates tinha muito em comum com Trapper, pois ele também havia servido em um MASH (embora durante a Guerra do Vietnã mais recente). Seu senso de humor e amor pela vida também refletiam elementos dos dias mais jovens de Trapper. Na série, Gonzo residia em um trailer (apelidado de "O Titanic") no estacionamento do hospital.