Headmasters começa com Galvatron liderando um novo grupo de Destrons para travar guerra em Seibertron, os Headmasters Destrons. Os Cybertrons são resgatados pela chegada dos Headmasters Cybertrons, liderados por Fortress (Cerebros, a cabeça de Fortress Maximus). É revelado que Fortress deixou Seibertron milhões de anos atrás em busca de energia e finalmente conseguiu voltar para casa. Ele explica que os Headmasters são de um planeta chamado Master; os robôs do tamanho de humanos que vivem lá construíram corpos do tamanho de Transformers para si mesmos.