Longe, através do universo, uma batalha feroz assola o planeta distante de Cybertron. Lá, os heroicos Autobots e os malignos Decepticons se chocam por um conjunto de robôs chamados Mini-Cons, cujo poder pode aprimorar as habilidades de um Transformer em combate. Percebendo que a batalha pelos Mini-Cons estava se mostrando muito custosa, os Transformers enviaram os Mini-Cons para longe de Cybertron em uma grande nave, mas quando a nave cai em um planeta remoto, isso desencadeia uma cadeia de eventos que, em última análise, leva a rivalidade acirrada entre os Autobots e Decepticons a ser disputada na Terra. Uma vez na Terra, a batalha pelos Mini-Cons recomeça, com os Autobots ganhando novos aliados humanos em sua busca para localizar todas as valiosas "ferramentas inteligentes" antes que os Decepticons possam usar seu poder para alcançar o domínio sobre a galáxia... mas enquanto a batalha se intensifica, um mal maior espreita nas sombras, o gigante devorador de planetas Unicron...