Stargate Universe acompanha um grupo de soldados, cientistas e civis que precisam se virar sozinhos ao serem forçados a atravessar um Stargate quando sua base secreta é atacada. Os sobreviventes desesperados emergem a bordo de uma antiga nave, que está presa em um curso desconhecido e incapaz de retornar à Terra. Enfrentando a necessidade mais básica de comida, água e ar, o grupo deve desvendar os segredos do Stargate da nave para sobreviver. O perigo, a aventura e a esperança que encontram a bordo da Destiny revelarão os heróis e vilões entre eles.