Após seu navio mercante holandês Erasmus e sua tripulação sobrevivente serem levados para a costa por uma violenta tempestade em Injiro, na costa leste do Japão, o Piloto-Mor John Blackthorne, o navegador inglês do navio, é feito prisioneiro por guerreiros samurais. Quando ele é posteriormente libertado temporariamente, ele deve conciliar sua autoidentidade como um inglês associado a outros europeus no Japão, nomeadamente comerciantes portugueses e padres jesuítas, com a cultura japonesa alienígena na qual foi lançado e à qual agora deve se adaptar para sobreviver. Sendo um inglês, Blackthorne está em conflito religioso e político com seu inimigo, os portugueses, e a ordem jesuíta da Igreja Católica. O domínio católico no Japão coloca Blackthorne, um protestante e, portanto, um herege, em desvantagem política. Mas essa mesma situação também o atrai para a atenção do influente Lorde Toranaga, que desconfia dessa religião estrangeira que agora se espalha pelo Japão. Ele está competindo com outros senhores da guerra samurais de alta patente semelhante, entre eles convertidos católicos, pela posição muito poderosa de Shōgun, o governador militar do Japão.