Num mundo de um futuro próximo, após a última grande guerra, a maior parte da humanidade vive em um punhado de cidades-estado. Lá, para a elite privilegiada, a vida deveria ser perfeita. Mas para o jovem Shion, a única coisa perfeita tem sido o pesadelo que sua vida se tornou desde que permitiu que um garoto estranho chamado Nezumi passasse a noite em seu apartamento. Banido para os arredores da cidade e despojado de todos os privilégios por ajudar o misterioso estranho que desde então desapareceu, Shion agora se encontra em perigo ainda maior, pois sua investigação sobre uma nova série de mortes misteriosas resulta em sua prisão sob suspeita de assassinato! Mas mesmo enquanto Shion está sendo enviado para o Instituto Correcional da cidade, o há muito desaparecido Nezumi reaparece para resgatá-lo! Agora em fuga, os dois jovens têm apenas uma chance de sobrevivência: desvendar os misteriosos segredos que residem no coração sinistro de No. 6!