A série gira em torno de Nadia, uma jovem de origens desconhecidas, e Jean, um jovem inventor francês. No início da história, os dois protagonistas são perseguidos por Grandis Granva, Sanson e Hanson, um grupo de ladrões de joias que perseguem Nadia pelo pingente azul com joias que ela possui. Após serem resgatados pelo Capitão Nemo e seu submarino, o Super Sea Cruiser Nautilus, os ladrões de joias e os jovens protagonistas unem forças e participam da luta contra as forças Neo-Atlanteanas, que buscam dominar o mundo. Nesse processo, Nadia e Jean salvam o mundo da violenta dominação das forças Neo-Atlanteanas lideradas por Gargoyle, exploram mistérios mundiais e os poderes do pingente azul, descobrem os laços familiares ocultos de Nadia e, finalmente, desvendam as origens secretas de Nadia.