Em um universo futurista, a humanidade travou uma guerra contra uma raça de gigantes conhecida como Zentradi. Diante da extinção nas mãos de seus inimigos, a humanidade escapou para as estrelas. Em 2059 d.C., a 25ª frota de Imigração Gigante, também conhecida como Macross Frontier, empreende sua jornada em direção ao centro da galáxia. Na maior parte do tempo, a vida na Macross Frontier segue normalmente. Mas quando a famosa cantora Sheryl Nome visita, as coisas saem do controle. Misteriosos alienígenas biomecânicos conhecidos como Vajra aparecem e atacam, bem quando os cidadãos estão ocupados clamando por Sheryl. O estudante piloto de mecha de 17 anos, Alto Saotome, junta-se à luta contra a ameaça alienígena. Enquanto luta contra um Vajra, Alto resgata uma jovem chamada Ranka Lee. O Major Ozma Lee nota a habilidade de Alto durante sua batalha e o recruta para o programa Strategic Military Services. Mas seu recrutamento não ocorre sem problemas, pois os fantasmas do passado de Alto vêm assombrá-lo.