Kobato é uma garota doce, animada, fofa e, ao mesmo tempo, ingênua que tem um contrato: para ir a um determinado lugar, ela deve encher uma garrafa misteriosa com os "corações curados" das pessoas. No entanto, a restrição é que ela deve terminar antes que as quatro estações acabem. Enquanto Kobato tenta cumprir sua missão, ela é acompanhada por Ioryogi, um espírito na forma de um bichinho de pelúcia de cachorro. Como Ioryogi é responsável por uma punição que foi aplicada a ele e seus amigos do mundo espiritual, ele deve guiar Kobato e garantir que ela tenha sucesso em sua missão, para que ele e seus amigos possam retornar às suas verdadeiras formas.