A história de Kanokon gira em torno de Kouta Oyamada, um jovem estudante do primeiro ano do ensino médio que se muda do campo para a cidade e, portanto, se transfere para a Kunpo High School. Em seu primeiro dia na nova escola, uma bela estudante do segundo ano chamada Chizuru Minamoto pede para encontrá-lo sozinha na sala de música. Quando ele chega, ela revela que, na verdade, é uma divindade raposa e, a partir daquele dia, os dois passam tempo juntos. Nozomu é uma estudante do primeiro ano da escola de Kouta, ela é, na verdade, uma divindade lobo e está apaixonada por Kouta, sendo rival de Chizuru pelas afeições dele.