Ambientado em um mundo levemente futurista onde a Terra foi invadida e está em guerra com alienígenas de outra dimensão chamados Nova, a história segue as aventuras de um garoto japonês chamado Kazuya Aoi, que se inscreve para treinamento em uma escola especial para garotas geneticamente modificadas chamadas Pandoras, que lutam contra os alienígenas, e seus parceiros masculinos, chamados Limiters, que usam um poder especial chamado "congelamento" para limitar a mobilidade de seus oponentes. O protagonista faz a amizade de uma garota mais velha e incomum chamada Bridgette L. Satellizer, que parece ser a Pandora mais poderosa de sua classe, mas ainda não escolheu um parceiro masculino para ser seu Limiter, e apesar dos avisos de todos os seus amigos, ele decide ser seu Limiter.