A história gira em torno de Haruka Nanase, um garoto que sempre amou estar imerso na água e nadar nela. Antes de se formar no ensino fundamental, ele participou de um torneio de natação junto com seus colegas do clube de natação, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki e Rin Matsuoka. Após alcançarem a vitória, cada um dos garotos seguiu seu próprio caminho. O tempo passou, e no meio de suas vidas escolares sem intercorrências, Rin aparece e desafia Haruka para uma competição, mostrando a Haruka seu poder avassalador. Não querendo que termine assim, Haruka reúne Makoto e Nagisa mais uma vez e traz um novo membro chamado Rei Ryugazaki para criar o Clube de Natação da Escola Secundária Iwatobi, a fim de derrotar Rin.