Fallen acompanha a história de Luce, uma jovem que é enviada para uma clínica de reabilitação semelhante a um culto, chamada Sword & Cross, para cumprir pena por um crime que ela não se lembra de ter cometido. Entre os outros residentes, ela encontra o enigmático Daniel e o exasperante, mas irresistível, Cam, todos sob o olhar atento do sinistro chefe médico Howson, e das devotas irmãs gêmeas Miriam e Sophia. Luce deve desvendar o mistério de quem ela é e por que tem uma conexão com Daniel que remonta muito antes do tempo deles na instituição.