Habilidades especiais ocorrem entre uma pequena porcentagem de meninos e meninas na puberdade. Yū Otosaka usa seu poder sem que os outros saibam e leva uma vida escolar bastante normal e média. De repente, aparece diante dele uma garota, Nao Tomori. Devido ao seu encontro com ela, o destino dos usuários de poderes especiais será revelado.