Area 88 se passa no final dos anos 1970/início dos anos 1980 e é ambientado em grande parte em um país do Oriente Médio mergulhado em guerra, o Reino de Asran. A guerra utiliza pilotos mercenários, com seu quartel-general em uma base secreta da força aérea no deserto chamada Área 88. O promissor piloto de linha aérea Shin Kazama é enganado para se alistar por seu "amigo" Satoru Kanzaki. Diante da execução por desertar da Área 88, Shin relutantemente se torna um piloto de caça e tenta cumprir seu contrato de três anos. A Área 88 atrai todo tipo de gente com passados variados e muitas vezes sórdidos. Entre os outros mercenários estão Mick Simon, um americano que não conseguiu se adaptar à vida normal após seu período de serviço na Guerra do Vietnã. Mick se torna o melhor amigo de Shin na Área 88. Outra figura conhecida na Área 88 é McCoy, um ganancioso traficante de armas que vende tudo o que os mercenários precisam, desde papel higiênico até o plano...