Jest rok T.C. 4767. Minęły cztery tysiące lat od czasu, gdy ludzkość opuściła swoją kolebkę, planetę Ziemię. Otoczony przez wrogich kosmitów, Gnosis, ludzkość desperacko szuka sposobów na pokonanie tego zagrożenia dla swojego istnienia. Jedną z odpowiedzi na to zagrożenie było opracowanie przez inżynier Vector, Shion Uzuki, KOS-MOS (specjalistycznego androida o niezwykłych zdolnościach).