"Misja T" to wojna cieni prowadzona przez szpiegów i tajne służby, mająca na celu zapobieżenie zniszczeniu świata. Historia śledzi Botan Negoro, która od dzieciństwa szkoliła się na ninja i wyrosła na utalentowaną szpieginię. Łączy siły z Kurumą, szpiegiem o teatralnym zacięciu, w nowej misji, od której zależy los świata: odzyskanie "Kryształu Tesli", "dziedzictwa" genialnego serbsko-amerykańskiego wynalazcy Nikoli Tesli. Jednak inne kraje i ich agenci już działają, by zdobyć Kryształ Tesli, a Botan i Kuruma będą musieli wykorzystać całą swoją inteligencję, by ich przechytrzyć.