W futurystycznym uniwersum ludzkość toczyła wojnę z rasą gigantów znaną jako Zentradi. Zagrożona wyginięciem z rąk wrogów, ludzkość uciekła w gwiazdy. W 2059 roku n.e. 25. flota imigracyjna Gigantów, znana również jako Macross Frontier, wyrusza w podróż w kierunku centrum galaktyki. Przez większość czasu życie na Macross Frontier toczy się normalnie. Ale kiedy odwiedza ją słynna piosenkarka Sheryl Nome, sprawy zaczynają się komplikować. Pojawiają się tajemnicze biomechaniczne istoty pozaziemskie, znane jako Vajra, i atakują, podczas gdy obywatele gorączkowo wiwatują na cześć Sheryl. 17-letni student i pilot mecha, Alto Saotome, dołącza do walki przeciwko obcemu zagrożeniu. Podczas walki z Varją, Alto ratuje młodą dziewczynę o imieniu Ranka Lee. Major Ozma Lee zauważa umiejętności Alto podczas jego bitwy i rekrutuje go do programu Strategic Military Services. Jednak jego rekrutacja nie przebiega gładko, ponieważ duchy z przeszłości Alto powracają, by go nawiedzać.