W roku 2067, osiem lat po wydarzeniach z Macross Frontier, galaktyce zagraża śmiertelna nowa choroba, "Syndrom Var". Jednostka muzyki taktycznej "Walkure", pod ochroną zespołu Valkyrii "Delta", jednoczy siły, by stawić czoła temu nowemu zagrożeniu. Podczas wybuchu Syndromu Var, jednostka Walkure zostaje nagle zaatakowana przez tajemniczą drużynę Valkyrii "Rycerz Powietrzny" z Królestwa Wiatru, której motywacje pozostają zagadką...