Historia Kotetsushin Jeeg rozgrywa się pięćdziesiąt lat po oryginale i przedstawia nową obsadę postaci – przede wszystkim nowego głównego bohatera, Kenji Kusanagiego, ucznia liceum i motocyklistę, który staje się Kotetsushin Jeegiem, aby walczyć z nagłym ponownym pojawieniem się (Bóstw Widmowych Haniwa, czyli glinianych robotów) z Imperium Jamada rządzonego przez Królową Himikę.