Wszystko, co Rakka pamięta przed wyjściem z kokonu, to uczucie spadania. Zdezorientowana, zostaje powitana w tym nowym świecie jako jedna z Haibane, grupy młodzieży z małymi szarymi skrzydłami i jasnymi aureolami. Razem mieszkają w Starym Domu na obrzeżach Grie, cichego miasteczka, gdzie żyją ludzie bez skrzydeł i aureoli. Świat Haibane Renmei rządzi się wieloma zasadami: najważniejsza z nich mówi, że Haibane nie mogą zbliżać się do masywnych murów otaczających miasto ani ich dotykać. Tylko istoty zwane Togą mogą przychodzić i odchodzić, jak im się podoba. Chociaż jej codzienne życie jest spokojne, jest wiele rzeczy, których Rakka i inne Haibane nie wiedzą lub nie mogą wiedzieć. Rakka będzie zmagać się z własnymi wątpliwościami i pytaniami, próbując zrozumieć, co robi w tym świecie, jednocześnie dążąc do celu każdej Haibane: przekroczyć mury w Dniu Lotu. Ale nie jest to łatwe zadanie: porażka oznacza naznaczenie jako osoba związana Grzechem.