Tłem dla "Gilgamesza" jest walka dwóch przeciwstawnych sił. Jedna z nich, znana jako Gilgamesz, prowadzona przez Terumichiego Madokę (lepiej znanego jako Enkidu), a druga to Hrabina von Werdenberg i trójka dzieci Orga-Superior, które z nią mieszkają. Z wyglądu Orga-Superior są nieodróżnialni od ludzi. Jednak posiadają specjalną moc zwaną "Dynamis", która pozwala im wykorzystywać energię psychiczną i kontrolować przedmioty za pomocą umysłu. Głównym tematem "Gilgamesza" jest wybór strony.