마이크 후카나가는 장난꾸러기 절친 오웬 레이놀즈를 상대하고 오랜 짝사랑 상대인 아만다 맥케이의 마음을 얻는 것이 고등학교에서의 가장 큰 도전이라고 생각했다. 하지만 그는 틀렸다. 마이크는 자신이 대대로 닌자 가문이라는 것을 알게 되고, 범죄와 싸우고, 악당과 맞서는 흥미진진한 세계로 발을 들여놓게 된다. 마이크와 오웬은 '슈퍼 닌자'로 팀을 이루어 마이크의 할아버지, 즉 '홀로그램프'와 함께 훈련을 시작한다. 하지만 학교에서의 드라마와 슈퍼 악당들과의 싸움 사이에서, 이 슈퍼 닌자들은 쉽지 않은 싸움을 하게 될 것이다.