부모님을 잃고 학대하는 친척들에게 맡겨진 어린 카케하시 미라이. 이후 그는 우울하고 절망적인 삶을 살다가 중학교 졸업식 날 밤, 스스로 목숨을 끊으려 한다. 하지만 미라이는 자신을 행복하게 해주겠다며 나타난 하얀 천사 나세에 의해 구해진다. 나세는 미라이에게 초능력을 부여하고 새로운 신이 될 기회를 주겠다고 제안한다. 그 자리를 얻기 위해 미라이는 999일 안에 다른 12명의 '신 후보'들을 물리쳐야 한다. 곧, 세상의 가장 강력한 힘을 얻으려는 후보들과 미라이 사이에 벌어지는 끔찍한 배틀로얄 속에서 그의 생존을 위한 싸움이 시작된다.