퀀텀 항공 66편이 독일 프랑크푸르트를 출발해 승객 247명을 태우고 뉴욕 JFK 국제공항으로 향하고 있다. 이륙 직후, 종말 바이러스에 감염된 한 남성이 의식을 잃고 승무원과 의사가 그를 살리려 애쓴다. 조종사는 비행기를 착륙시키려 하지만, 지상에서 바이러스의 존재를 알고 있기에 불가능하다. 한 대사와 그의 비서가 정부의 66편 격추 시도에 맞서 조종사가 사투를 벌이는 것을 돕는다. 그리고 만약 비행기가 착륙한다면, 지구에 종말이 도래한 것이다.