남북 전쟁 중, 여섯 명의 생존자들이 리치먼드, 버지니아의 포로 수용소에서 열기구를 타고 탈출하여 태평양의 미지의 섬에 도착한다. 그들을 이끄는 인물은 사이러스 스미스. 알려진 문명과는 동떨어진 이 섬에는 식인 거대 곤충과 동물들, 피에 굶주린 해적들, 그리고 비밀스러운 목적을 위해 섬에 살고 있는 미치광이 천재 선장 네모가 존재한다.