존재를 모르는 세상을 보호하는 일. 뮤턴트 X는 유전자 조작의 결과로 특별한 능력을 지닌 인간 뮤턴트 팀이다. 수백 명의 다른 무고한 피실험자들처럼, 이들은 비밀 정부 프로젝트에서 진행된 실험으로 변형되었다. 상황이 통제 불능으로 치닫고 있음을 깨달은 그들을 창조한 조직은 이제 긴급한 "제품 리콜"을 위해 그들을 추적하고 있다. 뮤턴트 X의 임무는 동료 새로운 뮤턴트를 찾아 그들의 놀라운 능력에 적응하도록 돕고, 그들을 창조한 이들로부터 보호하는 것이다.