서기 71년: 자연인(OMNI)과 코디네이터(ZAFT) 간의 전쟁이 한창인 가운데, ZAFT 부대가 중립 콜로니 헬리오폴리스에서 지구 연합의 신형 모빌 슈트를 탈취하기 위해 파견된다. 헬리오폴리스 기술 대학에 다니는 민간 코디네이터 키라 야마토는 ZAFT가 5기의 모빌 슈트 중 4기를 탈취하는 동안, 마지막 남은 스트라이크를 우연히 발견하고 자신과 친구들의 목숨을 구하기 위해 이를 조종하게 된다. 혼란 속에서 키라는 어린 시절 친구이자 아이러니하게도 헬리오폴리스 탈취 사건의 주범인 ZAFT 병사 아스란 잘라와 재회한다. 스트라이크를 손에 넣은 키라는 지구 연합 함선 아크엔젤에 탑승하여 친구들을 보호하지만, 어린 시절 친구이자 동족의 적이 되어버린 현실에 절망한다.