진정한 사랑을 찾아 미야마에 카나코는 부모님이 그곳에서 사랑에 빠진 것처럼 아메노키사키 가톨릭 학교로 전학 온다. 하지만 한 가지 다른 점이 있다. 남자를 보면 두드러기가 나는 카나코는 사실 같은 성별의 파트너를 찾기 위해 이 여학교에 온 것이다. 아름다운 시도 마리아를 만났을 때, 카나코는 그녀가 특별한 사람을 찾았다고 믿는다. 하지만 마리아에게는 보이는 것 이상의 것이 있었다. 카나코의 첫사랑이 사실은 여장 남자라는 것이 밝혀진다. 마리아는 카나코의 불순한 의도를 폭로하겠다고 위협하며, 그녀의 진짜 성별을 비밀로 하라고 한다. 설상가상으로, 그는 카나코를 가까이서 감시하기 위해 그녀의 원래 룸메이트를 대신한다. 마리아†홀릭은 잘못된 장소에서 사랑을 찾고 꿈에 그리던 소녀를 찾는 카나코를 따라간다. 물론, 마리아의 룸메이트로 살아남을 수 있다면 말이다!