카노콘의 이야기는 시골에서 도시로 이사 와 쿤포 고등학교로 전학 온 고등학교 1학년생 오야마다 코우타를 중심으로 펼쳐집니다. 새 학교 첫날, 2학년 여학생 미나모토 치즈루가 음악실에서 혼자 만나자고 코우타를 부릅니다. 그곳에서 치즈루는 자신이 사실 여우 신이라고 밝히고, 그날부터 두 사람은 함께 시간을 보내게 됩니다. 코우타의 학교 1학년생인 노조무는 사실 늑대 신이며 코우타를 사랑하고 있어, 코우타의 애정을 두고 치즈루와 경쟁하는 라이벌입니다.