쿠니사키 유키토는 가족 대대로 전해 내려오는 전설 속 '하늘의 소녀'를 찾아 끊임없이 여행하는 방랑자다. 그의 여정은 작은 바닷가 마을로 그를 이끌고, 그곳에서 그는 친구가 되기를 간절히 바라는 듯한 소녀 미스즈를 만난다. 천 년을 아우르는 이야기가 그들의 기묘한 관계를 배경으로 펼쳐지기 시작한다.