ウィスキー・キャバリエは、FBI捜査官ウィル・チェイス（コードネーム：ウィスキー・キャバリエ）の冒険を描く。彼は失恋のショックから立ち直り、CIAのオペレーター、フランチェスカ・“フランキー”・トロブリッジ（コードネーム：フィアリー・トリビューン）と組むことになる。二人は、スパイたちの部署横断チームを率い、友情、ロマンス、そして組織内の政治に翻弄されながらも、時に世界を（そしてお互いを）救うことになる。