はるか宇宙の彼方、遠い惑星サイバートロンでは激しい戦いが繰り広げられていた。そこでは、勇敢なオートボットと邪悪なディセプティコンが、トランスフォーマーの戦闘能力を向上させる力を持つミニコンと呼ばれるロボットたちの争奪戦を繰り広げていた。ミニコンを巡る戦いが代償に見合わないと悟ったトランスフォーマーたちは、ミニコンを巨大な宇宙船に乗せてサイバートロンから送り出した。しかし、その宇宙船が辺境の惑星に不時着したことで、オートボットとディセプティコンの激しいライバル関係が地球で繰り広げられることになる連鎖的な出来事が引き起こされた。地球に降り立ったミニコンを巡る戦いは新たな局面を迎え、オートボットは、ディセプティコンが銀河支配を達成するためにその力を使う前に、貴重な「スマートツール」をすべて見つけ出すという使命のために、新たな人間の仲間を得る。しかし、戦いが激化するにつれて、巨大な惑星破壊者ユニクロンという、より大きな悪が影に潜んでいた…。