1947年から現代に至るまでの期間を扱い、『エイリアン・ネイション』は、それぞれ地球外生命体の訪問に深く影響を受けた3つの異なる家族に焦点を当てた。キーズ家は第二次世界大戦の爆撃機パイロット、ラッセル・キーズが一家を率いていた。彼は、エイリアンとの「ニアミス」に生涯を捧げ、その記憶に悩まされ続けた。クラーク家は、孤独なテキサスのウェイトレス、サリー・クラークによって代表されていた。彼女は、ロズウェル事件の生き残りであるエイリアン、ジョンと名乗る魅力的な見知らぬ男性に妊娠させられた。そして、クロフォード家の人生は、冷酷な陸軍将校オーウェン・クロフォードによって左右された。彼は、政府がロズウェルに関する真実を隠蔽したことを証明しようと、宇宙人とそのハーフ人間の末裔を追跡することに人生を捧げた。物語は、現代の「ハイブリッド」の子供であるアリー・キーズによって語られ、彼女の物語が最終エピソードの結末を決定づけた。