高校入学初日、涼宮ハルヒと名乗る美少女は「普通の人間には興味がない」と自己紹介する。彼女は宇宙人、未来人、異世界人、超能力者を募集する。そんな彼女の奇行を観察しているのは、ハルヒの前の席に座る少年、キョン。彼だけがハルヒに話しかける人物だった。学校中のクラブを渡り歩いては辞めていくハルヒの様子にコメントするキョン。その言葉が思わぬ形でハルヒにひらめきを与え、彼女は自ら放課後クラブを立ち上げることを決意する。こうして、キョンをはじめとする数名のメンバーは、文字通り「世界を面白くするために」涼宮ハルヒの憂鬱（略してSOS団）に引きずり込まれていくのだった。