マイク・フカナガは、お調子者の親友オーウェン・レイノルズとの付き合いや、長年の憧れであるアマンダ・マッケイの心を射止めることが高校での最大の試練だと思っていた。だが、それは大きな間違いだった。自分が代々続く忍者の一族であることを知ったマイクは、犯罪と戦い、悪党をぶちのめし、敵と格闘するエキサイティングな世界へと足を踏み入れることになる。マイクとオーウェンは「スーパー・ニンジャ」としてチームを組み、マイクの祖父、通称「ホログラムじいちゃん」のもとで訓練を開始する。しかし、話はそう簡単にはいかない。学校での人間関係のドタバタとスーパーヴィランとの戦いの間で、このスーパー・ニンジャたちは、とてつもなく厳しい戦いに直面することになるのだ。