スタートゲート ユニバースは、隠された基地が攻撃を受けた際にスタートゲートを通過させられた兵士、科学者、民間人の一団が、自らの力で生き延びなければならない様子を描いています。絶望的な生存者たちは、未知の航路に固定され、地球に戻れない古代の船に乗り込むことになります。食料、水、空気という最も基本的なニーズに直面しながら、彼らは生き残るために船のスタートゲートの秘密を解き明かさなければなりません。デスティニー号の中で彼らが見つける危険、冒険、そして希望は、彼らの中に潜む英雄と悪役を明らかにします。