激しい嵐によってオランダの交易船エラスムス号とその生存者たちが日本の東海岸、 ইনিজিরোに漂着した後、船のイギリス人航海士であるジョン・ブラックソーン少佐は侍たちに捕らえられる。後に一時的に解放された彼は、日本にいる他のヨーロッパ人、すなわちポルトガルの商人やイエズス会宣教師たちと結びついたイングランド人としての自己認識と、生き残るために適応しなければならない異質な日本文化との間で、自身のアイデンティティを維持しなければならない。イングランド人であるブラックソーンは、敵であるポルトガル人やカトリック教会のイエズス会士たちとは、宗教的にも政治的にも対立していた。日本におけるカトリックの足場は、プロテスタントであり、したがって異端者であるブラックソーンを政治的に不利な立場に置く。しかし、この状況が、日本に広がるこの外国の宗教を疑う影響力のある戸田成長卿の注意を引くことにもなる。彼は、日本軍総督である将軍という非常に強力な地位を巡り、カトリックに改宗した者たちを含む、同等の高貴な身分の他の武将たちと競い合っている。