娘が儀式的な生贄と思われる形で殺害された後、ハーバード大学の天体物理学者リチャード・マッセイ博士は、犯人を追ってチリへと旅立つ。そこで彼は、敬虔なシスター、ホセファ・モンタフィオーレと出会う。彼女はマッセイ博士を、新約聖書のヨハネの黙示録に予言された、世界の終末が差し迫っている兆候を調査するよう勧誘する。一方、悪魔崇拝者のアイザイア・ヘイデンは、来るべき終末の戦いで「闇の軍勢」が勝利することを確実にするため、悪魔の呼び声に応じる。科学者と尼僧は、ハルマゲドンを回避し、人類が自らの運命の主人であることを証明するために、時間との戦いを繰り広げる。