オカルト学園は、超常現象学の研究に特化した機関であり、その名もオカルト学園として知られている。主人公のマヤ・クマシロは、父であり元校長であったクマシロ・ジュンイチロウの葬儀に出席するため、この地に戻ってくる。オカルトを嫌う懐疑主義者のマヤは、1999年に未来からやってきたタイムエージェント、ウチダ・フミアキと出会う。彼はノストラダムスの予言による世界の終末を防ぐために派遣されてきたのだ。予言によれば、この学園こそが世界を滅亡させる大災害の震源地となるという。二人は協力し、父の死の真相を突き止めるだけでなく、世界の終焉の引き金となる鍵を見つけ出さなければならない。彼らに残された時間は限られている。