「私と一緒に過去への巡礼をしよう。」この言葉と、彼女の過去からの haunting メロディーが、プロの暗殺者ミレイユ・ブーケを日本の女子高生キリカ・ユムラとのパートナーシップへと引き込む。キリカは記憶喪失でありながら、本能的な殺人スキルはミレイユの能力に匹敵する。容赦なく監視する敵に追われながら、キリカとミレイユは「ノワール」と名付けられたパートナーシップを結成し、自らの過去の真実を探し始める。その真実は、彼女たちの死に繋がる可能性を秘めている。