近未来、最後の大きな戦争の後、人類のほとんどはいくつかの都市国家で暮らしていた。そこでは、特権階級のエリートにとって、人生は完璧であるはずだった。しかし、若きシオンにとって、完璧なものは、ネズミと呼ばれる奇妙な少年をアパートに泊めて以来、悪夢となった人生だけだった。謎めいた見知らぬ男を助けたことで都市の辺境へ追放され、全ての特権を剥奪されたシオンは、その後姿を消した。しかし、新たな謎の死の連鎖を調査した結果、殺人容疑で逮捕され、さらに危険な状況に陥る！しかし、シオンが都市の矯正施設へ送られるまさにその時、長らく行方不明だったネズミが彼を救うために現れる！逃亡した二人の若者は、生き残るための唯一のチャンスを得る。それは、No.6の不気味な中心に隠された謎の秘密を解き明かすことだ！