少年ジョー・マヤの物語、「忍者戦士 飛影」。火星に住むジョーは、ある日、異星人同士の戦いを目の当たりにする。それは、宇宙征服を企むザブーム星の皇帝から逃れてきたラドリオ星の王女を、ザブーム星人が襲っていたのだ。王女の宇宙船に偶然乗り込んでしまったジョー。この出来事が、彼らの運命を大きく変える連鎖反応を引き起こす。ジョーと仲間たちは、強力な３体のメカ獣を駆り、ザブーム皇帝とその軍勢に立ち向かうが、状況は絶望的だった。希望が失われかけたその時、謎の忍者ロボット「飛影」が、まるでどこからともなく現れたかのように現れ、援護に駆けつける。３体のメカ獣と合体することで、飛影は比類なき力を得る。その助けを得て、ジョーはザブーム軍と戦う…。