南北戦争中、6人の生存者がリッチモンドの捕虜収容所から熱気球で脱出するが、太平洋の未知の島に漂着する。グループを率いるのはサイラス・スミス。既知の文明とはかけ離れたその島には、肉食の巨大昆虫や動物、血に飢えた海賊、そして秘密裏の目的のために島に住む狂気の天才ネモ船長が潜んでいた。