アニメの舞台は、架空の日本の都市「住ノ江市」。ある日、園崎法子はクラスメイトの阿形勝平に「あなたは傷物語（キズナイーバー）に選ばれました」と告げる。勝平の傷を共有させる「キズナシステム」は、彼を、自分とは全く異なる人生や性格を持つクラスメイトたちと結びつける。キズナシステムとは、傷を通じて人々を繋ぐ、世界平和実現のための不完全なシステムである。このシステムに繋がれた者たちは皆、傷物語（キズナイーバー）と呼ばれる。一人の傷物語が傷を負うと、その傷はシステムによって分割され、他の傷物語たちに伝達される。住ノ江市は埋立地に築かれた都市だが、年々人口は減少している。物語は、勝平たちが暮らすこの街で展開される。