昔々、春野遥という名の少女は、おとぎ話のお姫様になることを夢見ていました。しかし、幼稚園ではその夢のためにクラスメイトにいじめられる日々。そんな遥は、カナタという少年と出会い、不思議なお守りをもらいます。そして、夢を諦めないことを約束するのでした。数年後、13歳になった遥は、絵本のお姫様になる夢を胸に、貴族の子女が集まる全寮制のノーブル学園に入学します。ある日、遥は希望の国の妖精パフとアロマに出会いますが、彼らは謎の男クローズに追われていました。妖精たちは、クローズが絶望の魔女ディスピアに仕えており、ディスピアは絶望の扉に夢を閉じ込めて世界に絶望をもたらそうとしていることを告げます。選択の余地のない遥。彼女が持っていたお守りは鍵となり、妖精たちはプリンセスパフュームを遥に授け、遥は希望の国の選ばれし戦士、キュアフローラとして、絶望に立ち向かうプリキュアとなるのです…