異次元から来た「ノヴァ」と呼ばれる侵略者と地球が戦争状態にある、少し未来の世界。主人公は、アオイ・カズヤという名の少年。彼は、ノヴァと戦うために遺伝子操作された少女たち「パンドラ」と、彼女たちのパートナーとなる男性「リミッター」が所属する特別訓練校に入学する。リミッターは、「凍結」と呼ばれる特殊能力で敵の動きを封じる。主人公は、クラスで最強のパンドラと思われる、しかし未だリミッターを選んでいない年上の少女、ブリジット・L・サテライザーと出会う。友人たちの忠告をよそに、彼は彼女のリミッターになることを決意する。