科学と魔法が共に発展した世界。魔法技術が極めて高度に発達し、繁栄を極める大都市アークハムシティ。しかし、その都市は犯罪組織「黒の魔術師団」の脅威に晒されていた。彼らは、偉大な魔術師であり、最悪の犯罪者でもあるマスター・テリオンを首領に据え、都市を蹂躙する欲望のままに暴れ放題にしていた。都市の守護者であるハドー・ファミリー・グループは、黒の魔術師団を打倒するため、一体のロボットを開発する。それは「魔装機神」であった。今、魔装機神とマスター・テリオン率いる黒の魔術師団との戦いが始まる。